Este laboratorio tiene 21 microscopios, 20 de ellos de uso docente y uno profesional, todos con luz reflejada y transmitida. Además, dispone de dos computadoras portátiles y dos pantallas planas que permiten la conexión tanto del ordenador como del microscopio profesional, este último equipado con una cámara digital para la captura de fotografías. Este espacio de laboratorio sirve como complemento para asignaturas como Minerales Formadores de Roca, Petrología y Yacimientos Minerales. El laboratorio tiene una gran colección de muestras de rocas y minerales provenientes de diversas regiones del mundo y una colección especial de minerales colombianos recolectada por un profesor del departamento. Esta colección abarca una amplia variedad de grupos minerales, permitiendo así una formación integral en las distintas asignaturas. Además, el laboratorio dispone de una extensa colección de láminas delgadas y probetas pulidas que, junto con las muestras de mano, enriquecen la experiencia educativa en estas materias.

El Laboratorio de Rocas y Fósiles, en el salón W-101B, tiene 21 microscopios, 20 docentes y uno profesional, con luz reflejada y transmitida, además de un computador portátil y una pantalla plana para conectar el computador y el microscopio profesional, que también tiene una cámara digital para fotografiar. Este laboratorio se dedica a la asignatura de Geología y tiene colecciones similares de minerales, rocas y fósiles.